17 Ağustos 1999 tarihinde meydana gelen 7.4 şiddetindeki depremde; taş mimarisinin en nadide örneklerinden biri olan ve 1906 yılında yapılan tarihi cami hasar görmüş olup, caminin onarımı Pazarköy Muhtarlığı tarafından gerçekleştirilmiştir.

Hasar tespit raporlarına göre caminin yığma taş duvarlarından oluşan doğu ve batı cephesi ağır hasara uğramıştır. Bu sebeple duvarların doğu cephesiyle bunun bağlantılı olduğu kuzey cephesinin iki pencere arasındaki bölümü sökülmüş, bu bölüme gizli gömme, 3 adet demirli kolon dikilmesi sağlanmış; çevresine yeniden ve aslına uygun harçlı taş duvar işlenerek mimari özelliği muhafaza edilmiştir.

Aynı uygulama binanın batı cephesiyle yine bağlantısı olan kuzey cephesinde de gerçekleştirilmiş, buradaki 3 pencere arası bölüm ve çatı askıya alınmak suretiyle taş duvar arasına 4 adet demirli kolon yerleştirilmiş, böylece taş duvar işleme çalışması aslına uygun olarak burada da uygulanmıştır.

Duvarların onarımına mütakip caminin eski iç ve dış sıvaları dökülerek tamamı yenilenmiş, çatı onarılarak akmasını önlemeye matuf kiremit altı ruborait döşenmiştir. Ahşap olan ve zamanla çürüyen pencerelerin, ahşap doğramaları bu vesileyle pimapen doğrama ile değiştirilmiştir.

Caminin ibadet edilen alan döşemeleri sökülerek, beton zemin arasındaki boşluk doldurulup şapı döküldükten sonra lambri döşeme tahtasıyla yeniden döşenmiştir. Ayrıca mihrap, alçı sıva ile yeni baştan düzenlenerek iç dekorasyona uyumlu hale getirilmiştir. Caminin klasik iç ve dış görünümünü aynen koruyan ve ayrıca güçlendiren onarımı da son olarak su geçirmez iç ve dış cephe boyaları kullanılmış ve cami 26.11.2000 tarihinde yeniden ibadete açılmıştır.